วัดพระแก้ว เดิมชื่อวัดป่าญะ หรือวัดป่าเยียะ (เขียนเป็นภาษาบาลีว่า ญรุกขวนาราม) เนื่องจากภายในวัดเดิมมีไม้เยียะขึ้นอยู่เป็นจำนวนมาก ซึ่งเป็นไม้ไผ่พันธุ์พื้นเมืองชนิดหนึ่งคล้ายไม้ไผ่สีสุก ไม่มีหนาม เนื้อแข็งและเหนียว นิยมนำไปทำหน้าไม้หรือคันธนู เป็นวัดที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์ในจังหวัดเชียงราย ไม่ปรากฏประวัติการสร้าง
ชินกาลมาลีปกรณ์และรัตนพิมพวงศ์ กล่าวว่า ท้าวมหาพรหม เจ้าเมืองเชียงราย อนุชาของพญากือนา อัญเชิญพระสีหลปฏิมากับพระรตนปฏิมาจากกำแพงเพชรมายังเมืองเชียงราย เมื่อพญากือนาสวรรคต พญาแสนเมืองมา โอรสได้ขึ้นครองราชย์สืบแทน ท้าวมหาพรหมไม่พอใจจึงยกทัพมาตีเมืองเชียงใหม่ แต่ไม่สำเร็จ ภายหลังพญาแสนเมืองมานำกองทัพสู้รบจับท้าวมหาพรหมได้ แล้วอัญเชิญพระสีหลปฏิมามายังเมืองเชียงใหม่ ส่วนพระรตนปฏิมา เนื่องจากท้าวมหาพรหมได้นำปูนขาวคลุกด้วยน้ำผึ้งน้ำอ้อยและทรายละเอียดพอกไว้ ลงรักปิดทอง แล้วก่อพระเจดีย์ทำด้วยศิลาแลงที่วัดป่าเยียะ บรรจุพระรตนปฏิมาที่พอกแล้วไว้ในเรือนเจดีย์ จึงไม่ปรากฏแก่คนทั้งหลาย
พ.ศ. 1977 เจดีย์วัดป่าเยียะถล่มลงมาเอง ( มีเพียงพระบรมราชาธิบายและคาถาตำนานพระแก้วมรกต พระราชนิพนธ์ในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เท่านั้นที่กล่าวว่าเจดีย์ต้องอสนีบาต) จึงพบพระพุทธรูปพอกปูนลงรักปิดทอง นำไปไว้ในวิหารของวัดป่าเยียะ ต่อมาปูนบริเวณพระกรรณเกิดกระเทาะออกเห็นเป็นเนื้อมรกต (มีเพียงพระบรมราชาธิบายและคาถาตำนานพระแก้วมรกต พระราชนิพนธ์ในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เท่านั้นที่กล่าวว่าปูนกระเทาะบริเวณพระนาสิก) จึงกระเทาะปูนออกทั้งองค์ จึงทราบว่าเป็นพระรัตนปฏิมา ท้าวเจ็ด เจ้าเมืองเชียงรายได้กราบทูลให้พญาสามฝั่งแกนทรงทราบ โปรดให้อัญเชิญพระรัตนปฏิมา จากวัดป่าเยียะ เมืองเชียงรายไปยังเมืองเชียงใหม่โดยกระบวนช้าง แต่เมื่อถึงแจ้สัก (ชยสัก) ช้างทรงพระรัตนปฏิมา ไม่ยอมไปทางเชียงใหม่ จึงเสี่ยงทายจับฉลากได้ชื่อเมืองนครลำปาง จึงอัญเชิญพระรัตนปฏิมาไปประดิษฐานที่วัดพระแก้วดอนเต้าสุชาดาราม จากเหตุการณ์ค้นพบพระรัตนปฏิมา (พระแก้วมรกต) ทำให้วัดป่าเยียะได้รับการขนานนามใหม่ว่า วัดพระแก้ว
วัดพระแก้วคงมีสถานะเป็นวัดสำคัญมาตลอดทุกสมัย ช่วงสงครามขับไล่พม่าออกจากล้านนาทำให้เมืองเชียงรายกลายเป็นเมืองร้างตั้งแต่ พ.ศ. 2347 จนเมื่อฟื้นฟูเมืองเชียงราย พ.ศ. 2386 จึงมีการบูรณะวัดสำคัญต่างๆ อย่างค่อยเป็นค่อยไปตามจำนวนไพร่พลและสถานะทางสังคมยุคนั้น
พ.ศ. 2433 มีการสร้างวิหารวัดพระแก้วขึ้นใหม่ สันนิษฐานว่าสร้างบนฐานเดิมของวิหารในยุคล้านนา ซึ่งมีรูปแบบและสถาปัตยกรรมคล้ายกับวิหารของวัดงามเมือง (หลังเก่า) และวัดพระสิงห์ สันนิษฐานว่าช่างผู้ออกแบบและก่อสร้างคือช่างคณะเดียวกัน จดหมายเหตุเมืองเชียงราย ยุคฟื้นฟูเมืองเชียงรายกล่าวว่า
พ.ศ. 2521 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ
สถานที่สำคัญในวัดพระแก้ว
พระอุโบสถ พระวิหารทรงเชียงแสน มีลักษณะฐานเตี้ย เชิงหลังคาลาดต่ำ สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.๒๔๓๓ ได้รับพระราชทาน วิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๖ เมษายน พ.ศ.๒๔๙๕ พระประทานในอุโบาถ (พระเจ้าล้านทอง) เป็นพระพุทธรูปสำริด ปางมารวิชัย นับเป็นพระพุทธรูปในสกุลช่างศิปปาละที่ใหญ่ และสวยงามที่สุดในประเทศไทย
หอพระหยก อาคารทรงล้านนาโบราณ เป็นที่ประดิษฐาน “พระพุทธรตนากร นวุติวัสสานุสรณ์มงคล” หรือ “พระหยกเชียงราย” บนผนังอาคาร แสดงกิจกรรม จากตำนานพระแก้วมรกต และภาพวาดการสร้าง และพิธีอัญเชิญพระหยกเชียงรายสู่พระอารามในวันที่ ๑๙ ตุลาคม ๒๕๓๔
พระเจ้าล้านทอง เป็นพระพุทธรูปสำริด ปางมารวิชัย ขัดสมาธิราบ หน้าตักกว้าง 2 เมตร สูงจากฐานถึงพระรัสมี 2.80 เมตร รอบพระเศียร 1.60 เมตร นั่งขัดสมาธิราบ พระรัศมีเป็นดอกบัวตูมอยู่ในเปลวเพลิง ชายสังฆาฏิสั้นเหนือราวพระถัน เม็ดพระศกใหญ่ พระหนุ (คาง) เป็นปมใหญ่และชัดมาก น้ำหนักประมาณ 1,200 กิโลกรัม นับเป็นพระพุทธรูปในสกุลช่างศิลปะปาละที่ใหญ่และสวยงามที่สุดในประเทศไทย
โฮงหลวงแสงแก้ว เริ่มสร้างเมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2538 ออกแบบโดย นภดล อิงคะวณิช สถาปนิกชาวเชียงราย เป็นอาคารทรงล้านนาประยุกต์ กว้าง 10 เมตร ยาว 23.25 เมตร สูงสองชั้น มีคุณแม่อมรา มุนิกานนท์ (แสงแก้ว) เป็นผู้อุปถัมภ์การก่อสร้าง ภายในเป็นพิพิธภัณฑ์จัดแสดงพระพุทธรูปสำคัญ เช่นพระพุทธสิหิงค์ (จำลอง) รวมทั้งศิลปวัฒนธรรมเกี่ยวกับพระพุทธศาสนาในรูปแบบที่ทันสมัย
